・各ショップから出店料を徴収している楽天市場が、送料をお店側に強制的に負担させるのは問題ではないかと思います。
場合によっては楽天から撤退しYahooショッピングなどに流れる店舗が出てくる可能性があるとも思います。
結局、今まで通り「店ごとの判断、送料別、●●円以上で無料、といった方式で良いのではないか？」と思います。
・一方で楽天市場は「送料無料 に出来ないお店は楽天市場内から出て行っても構わないと考えているのか」とも推測できます。
すでに、楽天内の一部のショップはすでに「●●円以上で送料無料」を実践しています。（例 ある電器店は「5000円以上で無料」）
ですから、「無料に出来るお店があるのだから、送料無料に対応できないショップは楽天市場には不要」という考えがあるのかもしれません。
ただ、「amazonの衣料の送料無料に、楽天市場が対抗したい模様」との一部報道がありました。
FASHIONSNAP.COM
https://www.fashionsnap.com/article/2020-01-26/rakuten-workman-close/
抜粋
楽天の通販サイト「楽天市場」の全店舗の買い物で、総額3,980円以上を購入した場合に送料が無料になる「送料無料ライン」が2020/3/18から導入されるのを前に、「ワークマン（WORKMAN）」が2/28をもって楽天市場店を閉店すると発表・・・ワークマンの撤退も送料無料ラインが影響していると見られ、ワークマン楽天市場店では注文は1/31 16時まで受け付け、2/14 16時までに支払いが確認できない注文についてはキャンセルするという。
私見
ワークマンに続くショップが増えると、有名ブランドが撤退したZOZOTOWN の二の舞になりそう。
ゾゾの場合、結局、Yahooに買収されました。楽天市場がどこかの企業に買収されるのは望まないので、ショップオーナーとよく話し合うべきと思います
2020/1/30 追記 テレビ番組より
・三木谷浩史 社長「一部の店舗さんが（送料無料の件で）騒いでいるが・・・Amazonに対抗するため政府や公取とも対峙し必ず遂行する」
→私見：改善すべき点は送料よりも検索処理やデザインでは？例えば、同じ店舗が少し名前を変え複数出店し検索数が多いなど、見づらくて途中で諦める。あと「騒いでいる」という社長の表現にイラ。
・ライブニュースα のコメンテーターの方の
「amazonはメガストア型、楽天市場はどちらかといえば専門店の集まりブティック型。その専門性を気に入った人が楽天を利用しているのに、送料無料がウリのメガストア型へ楽天が移行しているように見える」
→私見：賛同。欲しいものが楽天にしかなければ送料は払います。送料無料だから楽天を使うというより、「ジャンルや商品によって楽天」です。そもそも「3980円以上の楽天ライン」と「2000円以上のamazonライン」、一般ウケが良いのはどちら？は明白だと思います。ちなみにamazonは「とりあえず商品を並べている」という感じですが、楽天は「商品に店主のこだわり」が感じられます。
（記事はリンク切れ）
抜粋
三木谷社長は「出店者には『送料込みで価格を調整してください』と言っているので、優越的地位の乱用にはあたらないと認識している」と述べ、公正取引委員会に理解を求めた
私見
ということは、楽天市場の商品は軒並み、値上げされる可能性が高い。客離れが進むのではないでしょうか？
三木谷さんのようにトップが騒ぐことで企業や商品のPRになる場合がありますが、今回は撤退する企業が出たので、各店主からの信頼を失い、世間的には楽天市場の印象を悪くしただけだと思います
ただ楽天に限らずアマゾンやヤフーでも、そこへ出店している企業は「上からのルールを黙って受け入れないと営業できない。嫌なら出て行って」という感じでしょう。
2/29 追記
停止命令は出たものの、楽天側が予定通り、送料無料化を実施するそうです。